公允价值套期和现金流量套期的主要区别如下：

处理原则：公允价值套期改变被套期项目的会计处理，而现金流量套期改变套期工具的会计处理。

会计核算：

公允价值套期：以公允价值计量，相关损益计入当期损益。

现金流量套期：有效部分计入所有者权益，无效部分计入当期损益。

适用范围：

公允价值套期：适用于已确认的资产或负债，以及未确认的确定承诺。

现金流量套期：主要适用于预期交易。

总结来说，公允价值套期和现金流量套期在处理原则、会计核算和适用范围上存在显著差异。