事业单位收到增值税专用发票的处理方式主要分为两种情形：发票开出未认证和已认证。

在发票开出未认证的情况下，如果发票联和抵扣联丢失，购买方需凭销售方提供的专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符后，使用销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果仅丢失发票联，可以将专用发票抵扣联作为记账凭证，同时保留抵扣联复印件。

如果专用发票抵扣联无法认证，可以使用发票联复印件到主管税务机关进行认证。纳税人若丢失记账联，在发票开出后尚未寄出的情况下，可以由开票单位复印发票联作为记账凭证；若已寄出，需使用发票联复印件与金税卡中重新打印的记账联作为记账凭证。

若纳税人丢失全部联次，应在认证前按丢失空白专用发票处理。

在发票开出已认证的情况下，如果发票联和抵扣联丢失，只要在丢失前已认证相符，购买方可以凭销售方提供的专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果仅丢失抵扣联，可以使用发票联复印件作为记账凭证。

对于公司收到专用税票的处理，通常遵循以下步骤：首先，根据出纳转来的原始凭证进行审核，无误后编制记账凭证；其次，根据记账凭证登记明细分类账；月末需编制计提、摊销、结转记账凭证，汇总记账凭证后登记总账；进行结账、对账，确保账证相符、账账相符、账实相符；最后，编制会计报表，确保数字准确、内容完整，并进行分析说明，将记账凭证装订成册妥善保管。