自考本科的档案处理方式如下：

首先，自考本科的档案在你手中，你需要将其妥善保管，避免丢失或损坏。其次，你可以选择将档案存入你所在地的教育委员会，他们会为你办理相关手续。办理时需要带上你的身份证、准考证、成绩单等材料。最后，你需要填写一些表格，并支付一定的费用。完成这些步骤后，你的档案就会被存入教育委员会的档案室，你可以随时查询和提取。

请注意，具体的档案处理方式可能会因地区和具体情况有所不同，建议你在处理档案时咨询当地的教育部门或相关机构，确保流程的准确性。