1李さんはいますか、 小李在吗？

最一般（习惯用法）的询问，就像我们打电话的时候问的一样。这个句子是正确的。如果你想说的更有礼貌一些可以说成“李さんはいらっしゃいますか？”是比“李さんはいますか？”尊敬一点的说法。

2算是对吧（有点牵强）。一般在强调要找的人是李さん的时候用。

例句“戸田さんは李さんがいますかと闻かれました”户田被问道小李在不在。

3是一个错误的句子。

主语后面不可以直接跟です。です一般是用在宾语的后面，而句中并未出现宾语。但如果你这样说，“李さんは女の子です”小李是个女孩子，就对了。

看来你真的是刚刚开始学，加油哦，日语入门其实要比英语简单的多。