大部分药物含有可离子化基团，其中大部分呈碱性，少数呈酸性。pKa是衡量化合物离子化能力的指标，与分子中基团的酸性和碱性相关。药物化学家通过调节药物骨架的酸碱亚结构，改变pKa值，以优化溶解度和渗透性。在水溶液中，离子化的分子比中性分子溶解度更高，但离子化程度影响其渗透性。pKa值与溶解度、渗透性、靶蛋白活性位点相互作用以及药物结构有密切关系。结构修饰策略通过引入不同pKa值的基团，调整化合物的溶解度和渗透性，以改善药物的生物利用度。ACD/Percepta软件可预测化合物的pKa值，为药物设计提供有力工具。pKa预测的准确性和广泛的数据集使得软件在药物研发中广泛应用。