当公司使用银行承兑汇票支付货款，并用银行存款支付不足部分时，应按照以下会计分录进行记录：

1. 使用银行承兑汇票支付部分货款：

- 借：应付账款（或根据公司会计政策对应的其他货款账户）

- 贷：银行承兑汇票

此分录表明公司通过银行承兑汇票支付了部分应付账款。

2. 使用银行存款支付剩余货款：

- 借：应付账款（或相应的货款账户）

- 贷：银行存款

此分录显示公司通过银行存款支付了应付账款的剩余部分。

以上分录确保了会计账簿的平衡，并且反映了公司支付货款的财务活动。