开设汽车修理厂需要办理的证件包括维修许可证、税务登记证、工商合格证以及修理工上岗证。对于汽修厂个体户而言，还需要办理个体工商户营业执照本、组织机构代码证本、个体工商户章、国税登记证本、地税登记证本，并设立基本户。

在申请过程中，需要提交一些必要的证明文件，例如申请人签署的个体开业登记申请书、从业人员证明、经营场地证明等。其中，从业人员证明包括本市人员的户籍证明、身份证以及各类无业人员的有关证明，外省市人员则需要提交身份证、本地暂住证以及育龄妇女的计划生育证明等。同时，还需要提交家庭经营的家庭人员关系证明、名称预先核准通知书以及其他法规、规章和政策规定应提交的有关专项证明。

需要注意的是，不同地区的具体申请流程和所需材料可能有所不同，因此在申请前最好先咨询当地有关部门或专业机构，以确保申请过程顺利并符合相关规定。