あなたは东京にいますか？这个对。可以把あなたは省略掉。东京にいますか？ 补充：问你不在东京吗，用东京にいませんか。で表示在哪儿做什么，表示动作的场所。东京で働いています。表示在东京工作。に表示人在哪儿。东京にいます。表示人在东京。