新车合格证编号在车身登记证书第一页的右上角位置。要查询合格证编号，车主可以向4S店的工作人员索要随车出厂的车辆合格证，证书上就可以查看车辆合格证的编号。如果车主在上交了车辆合格证后想查看车辆合格证编号，可以咨询汽车经销商，能否在车辆登记的车管所根据发动机号来查询得知车辆合格证编号。

需要注意的是，在车主给新车上牌登记时，车辆合格证需要上交给车管所保留。因此，车主在上牌后换回的机动车登记证书，而没有车辆合格证。