在单位进行工程活动时，一般会通过"在建工程"科目来进行核算。当工程竣工后，这些在建的资产会转为固定资产。处理收到的维修工程款发票，以及支付部分工程款项时，应遵循以下会计处理方法：

1. 首先，确认收到维修工程款发票。该发票代表了与工程相关的费用，其金额将被记录入"在建工程——**工程"账户。这样，所有与该特定工程相关的费用和成本都会得到准确反映。

2. 接着，当支付部分工程款项时，需要进行相应的会计处理。将实际支付的金额从"银行存款"账户转出，同时，这部分已支付的款项则在"应付帐款"账户中做记录。这种处理方式确保了企业财务状况的透明度，让管理层和财务人员可以清晰地了解已支付款项和未支付款项的情况。

通过这种方法，企业能够有效地管理其工程成本和财务收支，确保所有交易都按照会计原则进行，从而维护财务报表的准确性。正确处理工程款和发票，对于保持财务健康和遵守相关法规具有至关重要的作用。