工程预算中的利润计算方式包括直接费和间接费，直接费具体包括直接工程费和措施费。其中，直接工程费涉及人工费、材料费以及施工机械使用费。而措施费则涵盖了环境保护费、文明施工费、安全施工费等。间接费则包括规费和企业管理费。规费具体包括工程排污费、工程定额测定费、社会保障费、住房公积金、危险作业意外伤害保险等。企业管理费涵盖了管理人员工资、办公费、固定资产使用费等。利润则通过计算基数与利润率的乘积得出，计算基数可以是直接费加间接费，也可以是人工费加机械费，或是以人工费为基础。利润率在投标时由企业根据竞争情况进行设定。

税金在工程预算中也占据重要地位，主要包括营业税、城市维护建设税和教育费附加。对于纳税人为市区的情况，税率设定为3.41%；县镇则为3.35%；农村则为3.22%。值得注意的是，企业管理费中的税金与预算报价中的税金所涵盖的内容并不相同。预算报价中的税金仅限于营业税、城市维护建设税和教育费附加。

在实际操作中，要确保利润和税金的准确计算，需对直接费和间接费的构成有清晰的理解。直接费涵盖人工费、材料费和施工机械使用费，而间接费则包括规费和企业管理费。利润率的确定需结合市场情况和企业自身情况。此外，预算报价中的税金仅限于营业税、城市维护建设税和教育费附加，其他部分应依据具体情况进行调整。

在工程预算中，合理计算利润和税金对于项目的成功至关重要。通过对直接费和间接费的详细分析，以及对利润率的合理设定，可以确保项目的经济效益。同时，遵循税金的规定，避免税务风险，有助于项目的顺利进行。