发票号码与实际打印的票号不符时，必须进行作废处理。例如，企业在使用开票软件开具发票时，软件显示的机打发票号码为100号，但在打印纸质发票时，却错误地打印在了101号上。这时，纸质发票101号被视为错误发票，需要进行作废处理。

具体步骤如下：首先，在纸质发票101号上加盖作废标识，同时，在开票软件中将101号发票进行作废处理，确保软件和纸质发票上的作废状态一致。接着，重新正确对应纸质发票，将开票软件中的发票100号正确对应到纸质发票100号上，进行重新打印。

如果发票已经交付给对方，必须将所有联次的发票取回。对于当月开具的发票，可以按照上述步骤进行作废处理。但对于跨月的发票，不能直接作废，需要开具红字发票进行冲销。

在处理过程中，企业应确保作废后的纸质发票与开票软件中的作废信息保持一致，避免后续税务检查时出现问题。同时，企业也应加强对开票软件的管理，确保开具的发票号码与实际打印的票号一致。

发票管理过程中，企业还应注意留存相关记录，以便日后查阅和核对。通过规范操作，企业可以有效避免因发票号码不一致而引发的税务风险。