法律分析：甲方拨付工程款给甲建筑公司,甲建筑公司进行合同的注册备案后开具建筑业发票。甲公司和乙公司属于总包和分包关系,之间应有合同,在相关部门注册备案后乙公司同样可以开具建筑业发票。

法律依据：《中华人民共和国发票管理办法》

第十九条 销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。

第二十条 所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。