山西医科大学下设的两个学校，毕业证虽外表相同，实则内在有别。原因在于，汾阳学院前身即为汾阳医专，近年来在山西医科大学的大力扶助下，汾阳学院不仅提升了教学质量，更是在学术研究层面取得了一定的成就，已具备硕士点资质。

教育部有关政策明确指出，对大学的异地办学进行限制与规范，同时倡导大学独立办学，鼓励其发展特色教育。汾阳医学院的独立，无疑为该校在专业设置上提供了更为灵活与创新的空间。独立后，汾阳医学院能够更加专注于自身的学科特色方向，为学生提供更为专业与深入的课程与研究机会。这样的改革，不仅推动了高等教育的多样化发展，也充分体现了教育与社会需求的紧密结合。

综上所述，尽管山西医科大学下属的两个学校在毕业证书的表面形态上一致，但实质上，由于汾阳医学院的独立与专业化发展，两者在教学质量、科研水平以及专业特色等方面均有所差异。这一改革不仅有助于提升教育质量，更促进了高等教育体系的优化与创新。