疏水氨基酸最有可能存在于天然蛋白质的内部，因为大多数真核蛋白质合成之后都要进行加工，加工的主要方式是折叠和修饰，折叠过程依赖一些酶类和分子伴侣的帮助，天然蛋白质的外表面往往是极性的亲水氨基酸，而疏水的氨基酸则包裹在蛋白质的内部，疏水部位往往也是蛋白质的一些活性集团发挥功能的部位。