重庆三峡医药高等专科学校与重庆医药高等专科学校各有特色与优势。重庆三峡医专坐落于万州区，而重庆医专位于大学城，尽管大学城较近，但通勤时间仍需1小时左右。万州与主城之间的距离较长，但渝-万城际铁路即将投入使用，缩短万州至重庆的通勤时间至1小时以内。

在校园建设方面，重庆医专面积相对较小，配套设施尚在完善阶段，校舍和宿舍功能不全，部分道路仍处于建设之中。而重庆三峡医专则在建校初期便整体搬迁至新校区，近年更新建了几栋教学楼、体育馆、体育场和艺术中心。学校周边小店众多，生活设施齐全，便于学生日常生活。

重庆三峡医专由万县卫校与万县中医校合并而成，过去在渝东、川东地区享有较高声誉，吸引渝西与川西学生慕名而来。重庆医专则是由三个中专学校合并而成，其中重庆药剂校在重庆有较高知名度，而其他两所学校知名度相对有限。

在学生管理方面，重庆三峡医专过去实行较为严格的封闭式管理，对纪律、上课时间及夜间归寝有严格要求，而重庆医专则相对宽松。若想追求自律与管理的严谨性，三峡医专可能更为适合。

实习基地方面，重庆三峡医专覆盖重庆、成都及华南地区，实习医院等级较高，包含重庆一院、三院、四院、九院、中山医院等多家三甲医院，专业领域广泛。部分专业如药学、口腔医学技术等还有订单培养项目，学生可在实习期间直接进入就业单位，开始职业生活。重庆医专的实习基地分布主要在重庆市内及周边地区，选择相对较少。