南昌工程学院本科专业中，以下是一些主要的一本专业：

1、水利水电工程专业：该专业被认证为中国工程教育的专业，并在国家级层面被评为一流专业、特色专业。同时，它还是教育部卓越工程师教育培养计划的一部分。专业在全国范围内排名11位，并在江西省本科专业综合评价中位列第一。水利工程是江西省高校的一流学科，而南昌工程学院是江西省水利工程学科联盟的牵头单位。

2、土木工程专业：此专业在江西省本科专业综合评价中排名第二，被评为省级一流专业、特色专业，并参与了江西省卓越工程师教育培养计划。

3、电气工程及其自动化专业：同样被评为省级一流专业、特色专业，并参与了省级专业综合改革试点项目。在江西省本科专业综合评价中，该专业排名第三。

4、机械设计制造及自动化专业：被列为省级一流专业，是学校重点建设的专业。其中，机械电子工程是江西省高校“十二五”重点学科，而机械工程也是学校重点建设的学科。

5、计算机类专业：此专业在教育部卓越工程师教育培养计划中被认可，并被评为省级一流专业、特色专业，参与了江西省卓越工程师教育培养计划。在江西省本科专业综合评价中，计算机类专业排名第三。

6、审计学专业：该专业是学校重点建设的专业之一，同时也是学校硕士研究生培养方向的一部分。