南京大学苏州校区与本部在学科设置上存在显著差异。南京大学苏州校区主要侧重于打造化学、生命科学与医药，材料能源与工程，电子与信息，地球系统与环境，人文与社会五大学科群。这些学科群不仅覆盖了现代科技领域的前沿，也强调了人文社科的深度研究。相比之下，南京大学本部的院系设置则更加多样化，包括文学院、历史学院、外国语学院、物理学院、天文与空间科学学院、化学化工学院、大气科学学院、新闻传播学院等。本部的学科布局更为广泛，不仅涵盖了人文社会科学，也包括自然科学和工程技术。

地理位置的不同也是南京大学苏州校区与本部的重要区别之一。南京大学苏州校区坐落在苏州高新区，这一选址有助于学校更好地融入地方经济与文化，促进产学研合作。而南京大学本部则位于江苏省南京市，地处中国历史文化名城，拥有丰富的学术资源和深厚的人文底蕴。南京大学本部作为南京的核心高等教育机构，与城市的发展紧密相连，为学生提供了广阔的学术交流平台。

南京大学苏州校区与本部在学科设置和地理位置上的差异，不仅体现了学校在不同区域的特色发展策略，也为学生提供了多样化的学习与研究环境。通过在苏州校区学习，学生可以获得更加专注于前沿科技与社会人文的教育体验；而在本部的学习，则可以享受更加全面的学术资源与丰富的文化氛围。

总体而言，南京大学苏州校区与本部各自承担着不同的使命和发展方向，共同构成了南京大学多元化的学术体系。苏州校区致力于科技创新与应用研究，而本部则注重基础理论研究与人文社科教育。两者相互补充，共同推动南京大学在学术研究与人才培养方面不断取得新成就。