莆田市涵江区地方税务局的内设机构职责如下：

办公室主要负责综合协调机关政务工作、起草和审核重要文件、负责全区税收宣传工作、处理群众来信和来访等，同时管理机关财务和财产等行政事务。

人事教育股负责管理干部职工、人员编制、劳动工资和离退休干部，进行干部制度改革和实施国家公务员制度，负责出国（境）报批和干部监督审查工作，管理人事档案，制定干部教育规划并组织学历教育和岗位培训。

监察室履行《党章》和《行政监察法》规定的职责，负责监督检查税务人员执行国家法律、行政法规、规章的情况，进行廉政教育、检查处理行政违法和税务执法违纪案件。

计划财务股汇总分析税收会计、统计信息数据，拟定税收计划和会计、统计制度，并监督执行情况，管理经费、财务、装备和固定资产，审核汇编财务预、决算，办理各项经费的领拨，组织实施内部审计，负责税收票证和完税证管理。

税政管理股负责营业税、资源税等地方税收的政策制定，办理税收减免，协调与管理外商投资企业、外国企业及外籍人员的税收。

征管法规股负责实施《税收征收管理法》及其《实施细则》，指导税务登记、申报、税务检查和税收资料管理，改革完善税收征收管理办法，管理税收发票，负责企业办税员管理和业务培训，进行税务行政诉讼和行政复议工作，负责地方税收法规文件的清理、鉴定及汇编。

规费股负责社会保险费法规、政策的解释和实施，指导社会保险登记、申报审核、稽核检查及违章处理，进行法规、政策、社保业务知识培训，配合对社会保险费收入统计分析，配合法规、政策宣传，配合开发和完善社会保险费征收管理系统软件的应用与维护，负责政府授权（委托）其他规费、基金的征收管理。

信息技术股负责指导与管理计算机应用于税收管理的各个环节，进行计算机购置、配发、网络建设及功能配置管理工作，推广、应用计算机软件，建立管理制度，进行人员培训以及网络安全管理，组织实施办公现代化管理工作，提供处理经济信息。