南通市通州区档案局根据职责设立了三个主要的内设部门，分别为秘书编研科、管理接待科和业务指导监督科。

秘书编研科负责领导日常工作的协调，包括督促检查领导批示、制定规划和工作计划。他们处理文秘、组织人事等工作，负责电子政务和信息化建设的衔接，管理网络设备，进行档案宣传和专业技术职务资格审核。此外，该科还负责编写各类年度出版物，进行档案研究和展览工作，以及爱国主义教育基地的建设和党史、地方史志的参与编写。赵冬梅担任该科科长。

管理接待科承担档案接收和保管工作，接收各级机关和单位的档案资料，以及电子档案和捐赠档案。他们确保档案资料的安全，进行科学整理和编目，提供档案查阅服务，并负责电子档案馆的建设和爱国主义教育基地的日常管理。张宏东是该科的科长。

业务指导监督科是监督和指导全区机关、企事业单位档案工作的核心部门。他们负责档案的监督和业务指导，推动档案工作制度化和标准化，处理违法案件，推广档案信息化技术，组织专业培训，并协助征集散失档案史料。谢国志担任该科科长，负责完成其他交办任务。