矿物药根据其来源、加工方法以及原料性质的不同，被划分为三个主要类别：

原矿物药: 自然界中采集后基本保持原有形态用于药用的，包括矿物（石膏、滑石、雄黄）、动物化石（龙骨、石燕）和以有机物为主的矿物（如琥珀）。

矿物制品药: 主要由矿物原料加工制成单味药，常用于复方应用，如白矾和胆矾。

矿物药制剂: 以多种原矿物药或矿物制品为原料加工而成的制剂，如中药中的“丹药”（小灵丹、轻粉），这类药物通常用于单独应用。

尽管矿物制品药和矿物药制剂都属于加工产品，但前者以单一矿物为主，主要用于配合使用；后者则多用多种原料，适用于单独使用。这种分类方法源自中药的传统分类习惯，也有助于未来针对不同特性进行专门研究，推动矿物药发展。例如，原矿物药的研究与地质学紧密相连，而矿物制品药可能与化工产品的起源相关（如铅丹），矿物药制剂则主要涉及无机化学领域。

在分类中，具有相同主要矿物成分但次要元素或物理性质不同的药物被视为不同单味药，以强调矿物种和亚种的区别。例如，大青盐和光明盐虽然都以石盐为主，但由于化学成分不同，被列为两种功能各异的药物。同样，滑石和阳起石因其纤维状亚种的不同，功能和副作用也有所差异。

这种分类方法并不是限制其他学科对矿物药的研究和应用，例如药物学可能会根据功能将其分为清热解毒、利水通淋等类别，或者根据主要阳离子种类如汞、铁、铝等进行分类。