初级药师工作合同有问题，现场确认通过了资格审核会被刷。根据查询相关资料信息显示，初级药师工作合同有问题时，应尽快修改，并确认无误后才能通过资格审核。如果合同签署后未及时修改调整，有可能会导致资格审核不通过，从而影响初级药师的就业。因此，在资格审核前要尽量将合同的问题都检查清楚，最好全部现场确认通过，以避免后面出现意外情况。