清远市教育局设有七个主要内设机构，各司其职，确保教育工作的有序进行：

1. 办公室：承担机关日常运转工作，包括处理文件、安排会议、保密工作、管理档案、处理资产、维护安全和提供后勤服务等。同时，负责信息发布、宣传教育、政务公开，并指导所属单位开展档案管理工作。

2. 教育科：主管全市义务教育学校工作，制定学制规划、调整学校布局、推动规范化建设、促进教育均衡发展、管理学籍、分配学位、培训教师、开展民族教育、法制教育、安全教育以及语言文字工作，并组织市级体育和艺术竞赛。

3. 体育卫生与艺术教育科：负责学校体育、卫生、艺术教育和国防教育，策划体育赛事、艺术活动，推动学校基础设施建设、科研教研工作。

4. 高中与中职教育科：负责普通高中、中职教育和民办教育的管理工作，包括成人教育、学制改革、学籍管理、招生、就业等，同时关注教育扶贫和社会就业支持。

5. 教育督导室（市人民政府教育督导室）：承担教育督导工作，对教育法规的实施、教育职责的履行进行监督，指导教育改革与发展。

6. 基建财务科：管理全市教育财务，负责经费预算、校舍建设与维修、收费管理、扶贫资金分配和审计，确保资金合理有效使用。

7. 人事科：负责机关和市直学校的人事管理，包括干部和教师队伍建设、培训、就业指导、教师资格认证以及工会工作等。