在签发文件时，主要由发文单位的主要负责人进行最终签字确认。这一过程中，通常会使用公文签发单，它上面有明确的签字位置，确保每一步流程都能得到落实。

首先，相关职能科室（负责起草文件）的负责人会在签发单上签字，表明文件内容已经经过该科室的审核和确认。随后，办公室负责人也会在签发单上签字，确认文件的格式、排版等符合单位规定。

接下来，分管领导会在签发单上签字，这一步骤意味着分管领导已经对文件内容进行了审查，并认为文件的发布符合当前的工作需求。最后，由单位的主要负责人进行签字，这是整个签发流程中的最终步骤，代表了单位对文件内容的认可和批准。

通过这一系列的签字流程，可以确保文件从起草到最终发布的每一个环节都得到了应有的审查和确认，从而提高文件的质量和可信度。