长沙市芙蓉区地方税务局机构设置包括多个内设行政科室和直属机构，以高效服务纳税人和执行税收管理职责。

内设科室包括：

办公室：负责日常政务、文秘工作，负责税收宣传、新闻发布和政务公开，以及网站管理和行政接待等后勤服务。

税政法规科：管理地方各税的税政业务，执行税收政策法规，处理税务行政处罚和诉讼、行政复议，指导各类费金管理工作。

征管和科技发展科（发票管理科）：负责税收征管工作指导，实施征管检查，纳税服务及信息化规划，发票管理工作。

收入规划核算科：负责税收计划编制、监督税款缴退库，进行收入分析预测和重点税源监控，税收会计核算和管理。

财务管理科：负责税务经费、资产管理和机关财务管理，编制财务预算和决算，办理经费拨付等事务。

人事教育科：负责人事管理、教育培训、党群和离退休人员管理工作。

监察审计室：负责纪律检查、行政监察，实施财务审计工作。

直属机构有办税服务中心和稽查局：

办税服务中心：负责税收政策咨询、税务登记、发票管理、纳税申报处理、减免税审批等工作，以及征管业务数据管理。

稽查局：负责组织税收专项检查，处理违法举报，打击偷逃税等税务违法案件。

此外，还有派出机构税务分局，执行区域内的税务管理工作。