教师资格认定申请表应当存放在个人档案中，具体存放地点取决于个人档案的归属地。一般而言，个人档案的存放地包括户口所在地的人事局、教育局或学校。考生需先确定个人档案的具体存放位置，随后将教师资格认定申请表提交至档案存放地。

对于大多数城市而言，档案通常由人事局或人才服务中心负责管理。因此，考生应首先查询户口所在地的人事局或人才服务中心的具体地址，并了解其档案管理的相关规定。如果档案托管在教育局或学校，则需要根据该机构的具体要求提交申请表。

在提交教师资格认定申请表之前，考生还需确保申请表填写完整且信息准确无误。此外，考生应准备好所有相关证明材料，如学历证明、普通话水平测试证书等，以便于档案管理部门进行审核。

档案管理部门在收到申请表及相关证明材料后，会进行初步审核。审核通过后，档案管理部门会将教师资格认定申请表存入考生的个人档案中。考生可以在此之后，通过人事局或人才服务中心的官方网站或电话查询档案状态，确保申请表已成功存入。

需要注意的是，不同地区的档案管理机构可能有所不同，具体流程也可能会有所差异。考生在提交申请表之前，应详细咨询档案管理部门的相关要求，以确保申请过程顺利进行。