楚雄州卫生局作为州政府在本区域的卫生管理机构，主要承担着执行国家法律、法规，监督公共卫生事务和卫生执法职责。其职责范围包括食品卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、化妆品卫生、放射卫生、学校卫生、消毒产品监管，传染病防治监督，医疗机构和采供血机构的执业活动管理，以及医疗服务市场的整顿和规范。此外，他们还负责各类卫生许可证的申请审核，建设项目卫生审查，公共卫生事故调查，以及处理群众投诉举报的卫生事件。

局内设有办公室，负责综合协调政务、文电处理、机关财务等工作，协助领导组织调研，制定工作制度和安全管理。组织人事科负责卫生人才发展规划、专业技术人员资格考试评审以及公务员管理。规划财务科负责卫生事业规划、资源配置监督、财务审计，以及大型医疗设备的准入审批等。

医教中医科负责医疗机构改革、医疗护理质量监管，医疗机构设置规划，中医和中西医结合医疗教育科研等工作。病控预防科负责传染病防治、突发公共卫生事件应急处理等。妇幼保健与社区卫生科关注妇幼卫生和社区卫生服务，农村卫生科负责农村卫生改革和发展，包括新型农村合作医疗管理。法制监督科负责卫生立法、规范制定、行政复议和诉讼监督等工作。

其他科室如干部保健科负责高级干部的保健，党委办公室负责党群工作，纪检监察室负责党风廉政建设和纪律检查，爱卫办负责爱国卫生运动，州防治艾滋病工作委员会办公室负责艾滋病防治规划实施，学会管理办公室则负责学会管理和医疗事故鉴定等。