牡丹江市拥有包括牡丹江医学院、牡丹江师范学院、牡丹江大学、黑龙江林业职业技术学院、黑龙江农业经济职业学院、黑龙江商业职业学院及黑龙江幼儿师范高等专科学校在内的七所大学。这些高校在教学质量、学科建设、师资力量和学生就业等方面表现出色。

牡丹江大学自1958年创建以来，作为黑龙江省属本科院校之一，也是首批应用型本科院校，以培养应用型人才为目标，注重实践教学与产学研合作，拥有一支高水平的教学团队和多个特色专业。

牡丹江师范学院同样成立于1958年，是一所黑龙江省属本科师范院校。学校致力于培养优秀的中小学教师，特别注重师范生的教育教学能力培养。化学、数学与应用数学、汉语言文学、历史学及英语等专业在国内享有较高声誉。

牡丹江医学院的历史可追溯到1946年，作为黑龙江省属本科医学院校，学校主要培养高素质的医学人才，强调实践教学和科研创新。临床医学、口腔医学、中医学、针灸推拿学等专业在国内亦有一定影响力。

牡丹江理工学院同样创建于1958年，是一所黑龙江省属工科院校，以培养应用型人才为己任，注重实践教学和产学研合作，机械设计制造及其自动化、材料科学与工程、化学工程与工艺、电子信息工程等专业在国内也有一定知名度。

牡丹江农业工程学院同样成立于1958年，作为黑龙江省属农业院校，专注于培养农业应用型人才，强调实践教学和产学研合作。植物保护、动物科学、农业机械化及其自动化等专业在国内也具有一定影响力。

这些大学各具特色，共同构成了牡丹江市高等教育的重要组成部分，为当地经济和社会发展培养了大量优秀人才。