在选择报考二级水利还是市政时，首先需要考虑的是自身所学专业或工作经验的匹配度。选择与你所学或工作经验相符合的专业，将更有助于顺利通过考试，也能更好地与你所在单位的资质对应，有利于资质审核通过。因此，在选择报考专业时，应优先考虑与自己专业背景相符的选项。

从费用角度来看，目前市场上水利专业的挂靠费用逐渐超过了市政专业。这主要是由于水利专业报考的人数和从事相关工程的人才需求相对较小，导致市场上存在一定的缺口。同时，水利工程的危险性系数较高，这使得近几年水利专业的挂靠费用比市政专业高出约2000元。

然而，从市场需求来看，市政专业更具吸引力。市政工程项目的数量多，需求大，且市政专业涵盖的内容广泛，这使得考试难度相对较大，通过考试的难度也较高。因此，当前市政二级建造师在市场上的需求量较大，具有较高的认可度。

关于挂靠费用方面，各地的费用有所不同。目前，广东地区的挂靠费用相对较高，房建专业的市场价在2.3万～2.5万元/年，市政专业的市场价在2.6万～2.8万元/年，水利专业的市场价则在2.8万～3万元/年。

综合考虑，市政专业在市场需求和通过难度方面更具优势，因此报考市政二级建造师可能是一个更好的选择。然而，具体选择还需结合个人实际情况和职业规划进行权衡。