海南大学学位证编号是根据学位的区别编的。

普通学士学位中的双学位和第二学位证书，分别在第十一位用一个汉语拼音字母S和E加以区别，其余与普通学士学位证书编号方式相同总位数为16位。

专业学位证书编号位置印有汉语拼音缩写的Z字样，其后续编号改为16位数。除第十一位根据不同专业学位用一个汉语拼音字母加以区别外，其余与普通三级学位证书编号方式相同。