在太仓市国库支付中心，设有五个主要内设机构，每个部门承担着特定的职责:

首先，是综合科。它负责中心内部的行政管理工作，确保财产物资的规范领用与保管。该部门还需处理中心与外界的文件传递，监督并参与预算单位财政资金使用的检查。此外，综合科还组织内部培训和会议活动。

其次，受理科是数据处理的核心，接收并录入财政局各处室提供的预算支付数据，包括预算指标和分月用款计划。它审核预算单位的支付申请，管理印鉴卡，并处理备付金的管理与支取事务。

资金科的主要职责是管理国库支付账户和银行预留印章，接收并复核支付凭证，与代理银行进行支付操作，并确保单位备付金的充足。

工资统发科承担着市级预算单位工资的发放任务，根据审核后的工资汇总表向银行开具支付通知书，并协调与相关部门的沟通，提供工资发放信息和培训支持。

最后，会计科是财务的核心部门，负责编制记账凭证，进行明细和总账的会计核算。它负责对财政性资金进行详细记录，监控预算单位自筹资金的到账情况，并与预算单位、银行进行对账，提供实时的会计信息报告。

这些部门共同构成了太仓市国库支付中心高效运作的基石，确保财政资金的合理使用和管理。