军医大学与普通医科大学在数量、录取分数、人才培养模式以及毕业去向等方面存在显著差异。军医大学在国内仅三所，分别是海军、陆军和空军军医大学，分别位于上海、重庆和西安。相比之下，普通医科大学数量众多，包括985、211综合性大学的医学院、重点医学独立医学院、普通重点大学医学院、二本医学院以及专科医学职业学院等，可选择范围广泛。

在录取分数上，军医大学在国内属于顶尖大学，分数线要求极高，以2019年为例，三所学校录取学生的分数区间在600-650之间。而普通医科大学的录取分数区间则从高到低，最低可至440分，最高可达680分（以北京大学医学院为例）。这反映出两者的录取标准存在显著差异。

人才培养模式上，军医大学与普通医科大学均设有5年制本科或5+3本硕博连读的专业课程。然而，军医大学的学习内容不仅包括医学课程，还包含了军事课程，因此学习负担相对更重。军医大学的每个学期都设有严格的体能测试，如长跑、短跑和引体向上等，身体素质对奖学金、保研和体育成绩有重要影响。普通医科大学则侧重于专业领域学习，对身体、体能的要求相对较低。

毕业去向方面，军医大学毕业生有两条主要途径。一类是“生长军官”，在提前批次招生，享受部队“供给制”待遇，毕业后分配到部队工作。另一类是“无军籍本科学员”，在统招批次招生，毕业后面向社会自主就业，或签约为军队医院的文职人员。普通医科大学毕业生则需按照普通大学的模式就业，可能在各大医院和诊所工作。

军医大学的毕业待遇较为优越，如学费全免，每月发放津贴，享受军属待遇等，这些优势使军医大学成为一种独特的人生体验。相比之下，普通医科大学毕业生可能面临更多的生活费用压力。同时，军医大学的录取分数线通常高于普通医学类专业，反映了军医大学在就业保障和待遇上的优势。

综上所述，军医大学与普通医科大学在教育体系、就业前景以及学生待遇等方面存在显著区别。选择军医大学意味着接受更加严格的学习和体能训练，享有更稳定的工作保障和待遇，但同时也面临着更高的录取门槛和学习压力。普通医科大学毕业生则有更大的就业灵活性，但可能需要面对更多的生活费用支出。