这里面有好多问题，但是对于你的提问，回答为：

保管员证书是行政管理机构发出的资质证书，第一企业暂扣属于不合理的举措，你可以向企业主张归还，建议书面，目的在于留存你通知企业的时间证据；

第二，向主管机关投诉，因为炸药管理的风险巨大，你不在岗位不能再采用你的资质证书，要求调查并敦促返还；

第三，可以向主管机关投诉后，沟通提交补办申请；

总体来说，留存时间证据，证明你再某个明确的时间点已不在岗，这样以规避风险，至于企业不归还可能造成你的再就业损失可以另行主张。

其他如劳动关系问题在此不做赘述。