南京财经大学的历史可以追溯到1956年成立的粮食部南京粮食学校，这是新中国首批设立的粮食院校之一。

1981年，基于南京粮食学校的基础，南京粮食经济学院应运而生。到了1993年，学校名称进行了调整，更名为南京经济学院。

1999年，南京物资学校并入南京经济学院，进一步扩大了学校的规模。到了2000年，南京经济学院、江苏财经高等专科学校和江苏经济管理干部学院三校合并，形成了新的南京经济学院。

2003年，经教育部批准，学校正式更名为南京财经大学。2011年，江苏省人民政府与国家粮食局达成共建协议，共同支持南京财经大学的发展。

2019年，国家粮食和物资储备局与江苏省人民政府签署战略合作协议，全力支持学校事业的进步。南京财经大学采用的是本科四年制的教育模式。