南京卫校的管理，因学制不同而有所差异。五年制课程较为严格，考虑到学生多为未成年人，这种监管是合理的。与之相对的三年制，其管理则更接近普通大学生的生活方式。

在学习方面，五年制课程中，老师会进行更密切的监督，帮助学生更好地掌握知识。而三年制课程，则主要依赖于学生的自觉性。尽管如此，学校都设有晚自习和晚训等活动，以确保学生的学习时间。实训楼的教学管理严格有序，确保学生在实践中学习并应用所学知识。在理论课上，不同老师的表现也存在差异，有的老师可能更侧重于完成教学任务，对学生的学习投入不足。相比之下，学校专门聘请的授课老师，通常在教学上更为认真负责，能够提供更高质量的教育。