根据财政部、国家税务总局发布的《关于提高农产品进项税抵扣率的通知》（财税[2002]12号），自2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税额扣除率提升至13%。

那么，少抵扣的3%的农产品进项税是否可以再次进行抵扣呢？答案是可以的。在上述政策调整之后，纳税人购进的免税农产品所对应的进项税额，其抵扣率从10%提高到了13%，这意味着每购进一单位免税农产品，理论上可以多抵扣3%的进项税额。

举个例子，假如某企业购进一批免税农产品的原进项税额为10万元，按照原先的10%抵扣率，该企业理论上可以抵扣的进项税额为1万元；而按照新的13%抵扣率，抵扣的进项税额将增加至1.3万元，即多抵扣了0.3万元。这0.3万元的进项税额，实质上就是企业少抵扣的3%的农产品进项税。

值得注意的是，这部分多出的进项税额是可以再次进行抵扣的。也就是说，如果该企业在后续的经营活动中产生了符合抵扣条件的进项税额，那么这部分原本因为少抵扣而未被抵扣的农产品进项税，就可以在新的抵扣条件下被再次进行抵扣。

具体操作上，企业需要按照税法规定，整理和归档相关购销记录、发票等资料，确保其符合抵扣条件。同时，应根据税法要求，定期进行增值税申报，确保这部分额外的进项税额得到合理的抵扣。

总之，少抵扣的3%的农产品进项税是可以再次抵扣的。企业应充分利用这一政策，合理规划购销活动，确保应抵扣的进项税额得到最大限度的抵扣，降低税务成本，提高经济效益。