水利工程水费的税收政策根据其具体服务性质而定。直接对农田提供灌溉或排涝的劳务，免征营业税，这是因为为农业生产提供灌溉和排涝劳务取得的应税收入符合免征营业税的规定。而未直接为农业生产提供灌溉和排涝劳务取得的水利工程水费，应按规定征收营业税，不征收增值税。这是根据《中华人民共和国营业税暂行条例》及其实施细则、《财政部、国家税务总局关于水利工程水费征免营业税问题的批复》（财税〔2005〕19号）和《国家税务总局关于水利工程水费征收流转税问题的批复》（国税函〔2007〕461号）的明确规定。同时，根据《增值税若干具体问题的规定》的通知（国税发〔1993〕154号），供应或开采未经加工的天然水，如水库供应农业灌溉用水，也不征收增值税。财综〔2001〕94号文件也明确指出，上述单位收取的经营服务性收费，应依法纳税，使用税务发票。