对于被挂靠公司的税款处理，需要根据具体情况来确定。一般来说，被挂靠公司需要按照相关税收法规的规定缴纳建安税、企业所得税等税款。在挂靠模式下，营业税的纳税人为被挂靠人，但具体税收政策需要根据具体情况来定。此外，被挂靠公司还需要按照相关法规进行税务申报和缴纳税款。如果被挂靠公司存在违反税收法规的行为，可能会面临相应的处罚。