三本院校一般一年学费在0.5万到3万之间，具体费用因学校、专业不同而有所差异。同为三本院校，民办高校与独立学院之间，或不同区域内的三本院校学费差别可达万元以上。例如，浙江大学城市学院的学费根据专业不同，从6000元/生·年至30000元/生·年不等。学年结束时，学费根据所注册专业及实际所修读的学分数进行结算。

位于沿海发达城市的三本院校，收费普遍较高，普通本科专业学费每年多在1．6万元左右，个别专业甚至高达1．8万元。相比之下，位于西部内陆等经济欠发达省份的独立学院、民办高校学费相对较低，多数普通本科专业的学费低于1万元。

民办高校、独立学院普通本科专业的学费多在1万元到1．3万元之间。独立学院每年需向母体高校支付学生学费的20％至30％作为“品牌使用费”，这是独立学院学费普遍高于民办高校的一个重要原因。此外，全国不同地区办学成本的差异也是造成院校之间学费差异的重要因素。例如，华中科技大学武昌分校的学费根据不同专业，从10000元/年至13000元/年不等。