全过程工程咨询服务的收费标准包含多个方面，本文旨在详细阐述这些方面。首先，全过程工程咨询服务酬金支付方式丰富，既可以在项目投资中整体计入，也可以通过专项服务费用单独支付。依据《关于推进全过程工程咨询服务发展的指导意见》（发改投资[2019]515号），具体支付方式具有灵活性。项目管理费参照财建[2016]504号文件标准，但在实际操作中，如深圳市南山区代建制管理办法所示，可能需要根据具体情况做出调整。

在项目决策阶段，咨询服务包括投资决策和建设条件单项咨询。此类服务的收费通常基于项目规模、复杂性以及省级或地方标准来确定。进入建设实施阶段，咨询服务涉及工程勘察、设计、招标代理、造价咨询等，其费用计算则依据专业工程或通用标准，并考虑工程的具体复杂程度和高度进行调整。例如，工程勘察费用通常是工程费用的0.8%至1.1%，而设计费用则按照分档定额来计算。

到了运营维护阶段，绩效评价和后评价服务收费则参照财政厅或发改委的通知，一般会根据项目资金规模或项目复杂性进行调整。对于专项咨询服务，如PPP项目和BIM咨询，收费则基于项目规模和复杂性，可能包括基础费用和额外的咨询顾问费用。

总结而言，在全过程工程咨询服务中，项目管理费、代建管理费和统筹管理费在实际操作中需要明确区分和精确计算。在代建制项目中，项目管理费和代建管理费可能合并计取；统筹管理费则作为全过程服务中的额外管理协调费用，其金额通常取决于服务团队的构成。