申请日本奖学金主要方式有大使馆推荐、通过大学推荐的招生与选拔考试、日本国内录取的招生三种。

大使馆推荐的项目包括研究留学生、青年领导者项目、教员研修生、日本语日本文化留学生、专修学校留学生等，需要通过中国教育部下属的国家留学基金管理委员会进行申请。申请人首先要联系所在大学或直接向国家留学基金管理委员会咨询。

通过大学推荐的招生与选拔考试方式，交换留学生等称为“大学推荐”。主要针对研究留学生和日语、日本文化研修留学生，由接收大学向文部科学省推荐。研究留学生原则上10月赴日，日语、日本文化研修留学生则根据大学计划在10月赴日。推荐时间至4月中旬为止。这种推荐途径直接在中国的大学和日本的大学之间办理手续，申请人应直接咨询所在大学。

日本国内录取的招生方式，适用于在日本国内大学在籍的自费留学生，由所在大学推荐成为国费外国留学生。录取对象包括在籍日本大学院正式课程的自费留学生、即将升入大学院正式课程的自费留学生以及大学的正式生即将升入4年级（医学等为6年级）的自费留学生。录取从4月份开始，由各大学经过严格选拔，挑选出品学兼优的学生，于每年12月中旬前向文部科学省推荐。除短期大学外，此招生方式在日本的各国立、公立及私立大学实施。