在一般情况下，美甲店是有权因员工迟到而扣除相应工资的，但需要满足一些前提条件。

其一，美甲店需具备完备的合法规定并且这一规定必须经过全体员工的参与和认可。

其二，薪资扣减的数额应当遵循公正合理原则，不应超出当月工资的特定比率，确保员工所得薪酬不得低于本地的最低工资标准。

如果一个美甲店无法提供这些合法的规范或者他们的刚性规定会使薪水低于法律规定的水平，那么这样的行为将被视为违法。

若员工对此感到不满，可以与店家进行沟通协商，如若无果，则可向劳动监察部门提出申诉或申请劳动仲裁。