自考考试科目涵盖公共课、基础课、专业课和选修课四部分。专科阶段通常需考约16门科目，本科阶段则需考约20门，具体科目依据考生选择的专业而定。公共课通常包括中国近代史纲要、马克思基本原理概论和英语二。

所有专业或同类专业应考者都必须参加的课程包含《马克思主义基本原理概论》、《中国近代史纲要》、《英语(二)》、《政治经济学》等，旨在建立基础理论、知识和技能。基础课作为应考者学习专业知识、技能的基石，涵盖了基础理论、基本知识和基本技能。

专业课是自考中数量最多的课程，一般在8至10门左右。专业课的设置由各主考学校按照相关专业的教学要求进行，例如法律专业的专业课包括民法、刑法、商法、国际法等，计算机应用包括数据结构导论、数据库原理、计算机网络与通信等。专业课分为学位课程专业课和非学位课程专业课，通常要求学位课程专业课成绩达到一定标准，才能申请学位证书。

部分专业毕业生可免考课程。专科及以上毕业生可根据原专业基础知识，免考本、专科段中的课程。例如，中文专业毕业生可免考《大学语文》；物理专业毕业生可免考《物理(工)》等。