惠州市水务局下属的多个机构承担着重要的水利防洪、管理、监督职责。

市防汛防旱防风指挥部办公室作为挂靠于市水利局的机构，负责组织协调全市的防洪工作，对大江大河和水利工程进行防汛、防旱、防风调度。

市水利水政监察支队是正科级事业单位，主要负责《水法》等相关法规的实施监督，查处违法行为，并征收水资源费和其他费用。

市水利水电工程质量安全监督站（与市水利水电建设管理中心联合办公）负责水利水电工程的质量安全监督，以及建设技术咨询和技术审核等管理工作。

市区河涌管理所作为直属单位，负责河涌设施的运行管理和日常监督，根据《惠城中心区防洪排涝规划》实施整治工作，并参与市区防洪排涝任务。

市水土保持监督监测站致力于水土保持和生态环境保护，进行水土流失监测，建设法规，管理项目，并推广相关科技。

惠州大堤和江北大堤管理处则负责各自区域内的堤围、涵闸等防洪设施的运行维护，参与防洪排涝及抗洪抢险工作。

联和水库工程管理处负责水库的综合管理，确保下游地区安全；潼湖水利工程管理处则管理堤防、涵闸等水利工程，执行防洪排涝任务，同时进行水政监察。

惠州市水利信息中心作为直属单位，负责水利信息系统网络的规划、建设和维护，参与水利规划与工程设计的技术审查。