暗部，隶属于火影管辖，每个人都使用代号，执行秘密任务，如保护，暗杀，刺探，秘密抓捕，以及一系列的绝密任务，从黑暗处保护村子。

根，由团藏组织，美名其曰暗部培训班。其实就是团藏私人的武装力量。不受任何人的管辖，只听命于团藏。任务和暗部差不多。但是根里面比暗部更为黑暗。所有人不许有名字，没有未来，没有感情，还被下了咒术，只知道听命于团藏，执行团藏的任务。

与根比起来，暗部倒人性化很多了。真是由于根的非人的制度，以及团藏本人的无耻，所以一些优秀的忍者都选择弃暗投明，比如卡卡西，大和，佐井，鼬。卡卡西老师也在根待了一段时间，后来不满团藏暗杀三代，而去告密了。