最早黄酮类化合物主要是指母核为2-苯基色原酮的一类化合物，如今则泛指两个苯环(A环与B环)通过中央三碳相互联接而成的一系列化合物。根据中央三碳的氧化程度、是否成环、B环的联接位点等特点，可将该类化合物分为多种结构类型，其基本母核结构见下表。

类型

母体结构

代表化合物

黄酮类(flavone)

黄岑素(baicalein)、黄岑苷(baicalin)

黄酮醇类(flavonol)

槲皮素(quercetin)、芦丁(rutin)

二氢黄酮类(dihydroflavone)

陈皮素(hesperetin)、甘草苷(liquiritin)

二氢黄酮醇类(dihydroflavonol)

水飞蓟素(silybin)、异水飞蓟素(silydianin)

异黄酮类(isoflavone)

大豆素(daidzein)、葛根素(purerarin)

二氢异黄酮类(dihydroisoflavone)

鱼藤酮(rotenone)

查尔酮类(chalcone)

异甘草素(isoliquiritigenin)、补骨脂乙素(corylifolinin)

橙酮类(aurones)

金鱼草素(aureusidin)

黄烷类(flavanes)

儿茶素(catchin)

花色素类(anthocyanidins)

飞燕草素(delphinidin)、矢车菊素(cyanidin)

双黄酮类(biflavone)

银杏素(ginkgetin)、异银杏素(isoginkgetin)

黄酮类化合物除少数游离外，大多与糖结合成苷。糖基多连在C8或C6位置上，连接的糖有单糖(葡萄糖、半乳糖、鼠李糖等)，双糖(槐糖、龙胆二糖、芸香糖等)、叁糖(龙胆三糖、槐三糖等)与酰化糖(2-乙酰葡萄糖、吗啡酰葡萄糖等)。

天然黄酮类化合物除大多数为O-苷外，还发现有C-苷(如葛根素)存在。