企业需要交纳的税种包括企业所得税、营业税以及土地增值税。企业所得税的处理方式有四种：一是企业使用搬迁或处置收入购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或新的固定资产和土地使用权，或是对其他固定资产进行改良或技术改造，或是安置职工。企业可以将搬迁或处置收入扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额计入应纳税所得额。二是企业没有上述计划或报告，则将搬迁收入加上各类拆迁固定资产的变卖收入、减除各类拆迁固定资产的折余价值和处置费用后的余额计入企业当年应纳税所得额。三是企业利用政策性搬迁或处置收入购置或改良的固定资产，可按照现行税收规定计算折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。四是企业从规划搬迁次年起的五年内，取得的搬迁收入或处置收入暂不计入企业当年应纳税所得额，在五年内完成搬迁的，企业搬迁收入按上述规定处理。只要企业符合特定条件，搬迁补偿收入可在规划搬迁次年起五年内确认收入。

营业税方面，按照国家税务总局的规定，当土地使用者将土地使用权归还给土地所有者时，只要提供县级或以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论资金来源，均不征收营业税。对于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费，文件中提及的正式文件包括县级或以上地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门经县级或以上地方人民政府同意后出具的收回土地使用权文件。

土地增值税方面，《土地增值税条例》第八条指出，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。具体到搬迁收入的土地增值税征免，需要确定两个条件：是否因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用；如属于城市实施规划而搬迁，还需确认是否因旧城改造或企业污染、扰民，由政府或政府主管部门根据已审批的城市规划确定进行搬迁。

印花税方面，由于印花税属于列举征收，而“搬迁补偿协议”不在列举范围内，因此搬迁补偿收入可以暂不缴纳印花税。