南京市第一中学拥有丰富的学生社团，目前共有16个社团，包括崇文文学社、传媒社、动漫社、合唱社、话剧社、街舞社、精武社（暂停活动）、模联、魔术社（成立于2012年）、摄影社（2012年成立）、书法社、望星会（前身为天文观测小组）、围棋社（2011年建立）、以及音乐社。这些社团各具特色，展现了学生们广泛的兴趣和才能。

在这些历史悠久的社团中，如望星会，学生们通过观测月全食、金星凌日等活动，不仅提升天文知识，还培养了对自然的热爱和探索精神。摄影社则鼓励社员走出校园，通过实践学习摄影技巧，让生活更加精彩。音乐社则为学生提供了一个释放压力、发掘音乐才华的平台，每周五的音乐课上，社员们一起分享和创造音乐的快乐。

模联·南京一中模拟联合国社团凭借其强大的管理体系和稳健的活动组织，成为南京市领先的社团之一，通过校内会提升社员的外交能力，准备应对各类大会。而望星会则致力于天文知识的学习和星空观测，让成员们更深入地了解头顶的天空。