西南大学办公自动化系统的运行实行集中统一管理，由学校党办和校办共同担任主要管理部门。具体工作中，校办负责日常运营，而信息中心则提供技术支持和系统维护。各部门和单位需承担起本单位信息资料的收发、日常管理以及常规检查和维护任务。

在管理层面，党办和校办会指定专人作为系统管理员，负责系统的日常管理和监督，指导各部门按照办公自动化工作流程进行操作。信息中心也有专门的管理员，他们负责确保系统的正常运行，定期备份数据，以保障系统的稳定性和数据安全。

档案馆在系统中扮演重要角色，依据电子档案管理规定，他们指导并监督电子公文及其他电子材料的归档工作，负责安全管理以及提供档案利用服务。各类归档的电子公文在这里得到严格保护和管理。

学校各分管领导需充分认识到办公自动化系统的重要性，需指定一名管理员，负责协调本单位的系统使用和管理工作。管理员需支持学校的业务指导与管理，接收并处理系统发布的各类文件和信息，执行告知、传阅和归档等职责。同时，他们还需处理本单位人员信息变更等事务，确保信息的及时更新和准确性。