食物中毒按病原体分类可分为微生物性和非微生物性两大类。

　　其中微生物性包括细菌性、霉菌性或其它病原体导致的食物中毒；非微生物性亦可区分天然性或化学性毒素两类原因导致的食物中毒。病原体有：

　　1、葡萄球菌。2、大肠埃希菌 (肠产毒性大肠埃希菌，肠侵袭性大肠埃希菌，肠致病性埃希菌，肠出血性大肠埃希菌，肠黏附性大肠埃希菌)。 3、志贺氏菌(俗称痢疾杆菌) 。4、沙门菌属(常见伤寒、副伤寒) 。5、弧菌属(常见霍乱)。 6.肉毒梭菌。 7、急性胃肠炎病毒。 8、真菌类毒素中毒。